这个故事中，幻想杀手的少年并未登场。当「集团」的能力者·一方通行与神秘组织「学校」邂逅之时，学园都市「暗部」的故事就从此开始——！
在阿维尼翁进攻作战中，治安维持力量缺席的学园都市成为了无法之地。在那里，黑暗组织们正在暗中活动。
——为自己而行动的人。
——喜好黑暗、享受杀戮的人。
——试图粉碎他人希望的人。
——为了重要之人挺身而出的人。
——向上层发起挑战的人。
——消灭叛乱分子的人。
——以暴力阻止失控局面的人。
在这个由科学支配一切的城市里，能够生存下来的将是……
当「集团」的能力者·一方通行与神秘组织「学校」邂逅之时，学园都市「暗部」的故事就从此开始——！