英国清教、罗马正教、天草式。某个少年被卷入了三方的修女争夺战……！当科学与魔法交汇之时，上条当麻的故事就从此开始——！
传说中的魔法师所记述的，据说可以召唤天使的惊世魔道书《法之书》，连同掌握其解读方法的修女一起被掳走了。
在学园都市里过着悠闲日常的上条当麻，本来与这件事毫无关系——然而「不幸」的是，他却莫名其妙地参与了那场救援战……
而且，犯人竟然是「天草式十字凄教」，也就是神裂火织曾担任女教皇的那个宗派……！
茵蒂克丝所属的「英国清教」，这次的委托人「罗马正教」，以及神裂火织曾经担任首领的“天草式”。
当三个魔法组织与上条当麻交汇之时，故事就从此开始——！