「超能力」与上条当麻，「魔法」与茵蒂克丝。当奇异之线交汇之时，故事就从此开始——！
一名白衣修女从天而降，落在了上条当麻的房间里。
「不可能」……
上条当麻喃喃自语，那个身穿修道服的少女却说她是从魔法世界逃出来的。
这里是「超能力者」被认为是「普通科学」的，反超自然的学园都市。
上条对这个自称「茵蒂克丝」的少女的行为感到怀疑，但就在这时，真正的「魔法师」出现了——！
备受期待的新人带来的学园动作故事登场！