「超能力」，「一方通行Accelerator」，「茵蒂克丝」，以及上条当麻。当所有支线交汇之时，故事就从此开始——！
「不幸啊……」
盛夏的黄昏，补习班回来上条当麻在吞钱的自动售货机前不禁感慨道。
「喂，你在干什么呢？」
御坂美琴敲着皮鞋，对上条说道。
「姐姐大人？」
一个与美琴长相一模一样的御坂妹妹在这之后出现了。
三个人的相遇。
那便是事件的开端。
被称为一方通行Accelerator的超能力者Level 5所引发的杀戮惨剧，就此拉开了序幕——