「是谁啊……？」 「少女是爱丽丝，喜欢老师的说。」
寒假，年末的学园都市。
某天早晨，上条当麻一觉醒来，却不知为何在同一床被子里发现了一位名为爱丽丝的谜之金发少女？！但是，现在可不能被这种情况牵着鼻子走！在「手铐行动」作战当中暗部遭受了扫荡，搭载着其生还者的特别列车突然发生了冲撞事故，凶恶的囚犯们因此逃上了街头。
战斗激化，「暗部」的恐怖显露而出。但是毫不知情的上条他们，却偏偏向凶恶至极的花露妖宴伸出了援手？
和上条并肩作战的「暗部」，稍稍有些不同以往。当超级老好人上条当麻（+谜之少女爱丽丝）与极致的黑暗交汇之时，故事就从此开始——！