纽约，联合国总部大楼。美国总统罗伯特·卡崔当着聚集至此的各国首脑这么说道：
「组织联合势力，对『格雷姆林』的据点『船之墓场』发动总攻击。接下来搜敌与合作将会决定一切。毕竟那个叫魔神之枪的东西好像再过十二小时就会完工，这么一来我们大概也没胜算了，即使全球六十亿人同心协力也一样。」
差点成为魔神的男人欧雷尔斯，已经乔装成雷神托尔的样子潜入「船之墓场」。
（……那么，差不多也到我该行动的时候了。）
来到日本学园都市的蕾薇妮雅·柏德蔚对上条当麻这么说道：
「这次是最后的机会。我不认为你赢得了那个魔神欧提努斯，但如果在精密作业中把你给扔进去，或许就能打断『枪』的制造工程。说穿了，你的任务大概就跟空投的精准追踪炸弹差不多吧。」
参加总攻击前首脑会议的英国女王伊莉莎，对来自部下的联络这么回答：
「让我猜猜看。『船之墓场』的位置是在北海或冰岛近海对吧？」
以英国第二公主凯莉莎、骑士团长、佣兵威廉·奥维尔三人为中心的英国大军，抢先一步对位于北海的「船之墓场」发动攻击，并在那里遇上名为洛基的燕尾服老人。
「我漂亮地骗过了强敌！即使争取来的时间微不足道，在这个状况下也足以成为左右世界趋势的一步棋！」
接到联络的柏德蔚不禁皱起眉头。
「你说真正的『船之墓场』在……日本的东京湾？」
位于东京西侧的学园都市，以及位于东京东侧东京湾里的「船之墓场」。当双方爆发冲突时，整个二十三区都会成为战场。为了阻止这种事，必须在「格雷姆林」正式进攻前击溃他们才行。
上条当麻、茵蒂克丝、御坂美琴、蕾薇妮雅·柏德蔚、蕾莎、云川鞠亚，基于各自的理由搭上了同一架超音速客机。
然而，他们没抵达东京湾。
新宿上空。一离开学园都市领空，他们便遭到状似恶龙的神秘生物袭击，导致机体在空中爆炸。上条等人只好分头跳伞降落。
「总之现在只能前往『船之墓场』。想跟大家会合就要到终点！」
每条道路都严重堵塞，因此为了在交通瘫痪的东京二十三区迅速移动，上条跳到地铁的车顶上。
此时闯入的不速之客，则是「格雷姆林」的魔法师芙蕾雅。
「人家特地留下漏洞引诱强敌，果然抽中预期的对手吗？就让我丰饶神芙蕾雅来对付你☆」
上条靠茵蒂克丝与美琴的力量勉强击破芙蕾雅后，再度朝东京湾前进。途中「格雷姆林」的防卫装置——尼德霍格来袭，但出手解决麻烦的竟是木原加群。
云川鞠亚说：
「……我留在这里。即使老师已经死了，应该还是有个人奉陪他的任性比较好。」
在「船之墓场」，欧雷尔斯与右方之火以「妖精化」这张用来对付魔神的王牌，挑战欧提努斯。
尽管能让魔神矮小化的「妖精化」成功命中，欧提努斯依旧显得游刃有余。
「不管成功或失败，都会带给我成为完美魔神的机会。你们赌上性命的作战，只不过是送给我的礼物罢了。」
上条等人好不容易抵达「船之墓场」，等候在此的欧提努斯却从眼罩底下拔出「枪」，这么宣称：
「玛莉安·史琳格奈亚也好、『格雷姆林』也好，都只是单纯的诱饵。毕竟一旦让你们知道我一个人也能制造『枪』，就有可能碰到专门用来对付我的妨碍手段。」
上条仿佛想逃避眼前这种绝望状况一般，试图否定欧提努斯所说的话。但欧提努斯只是无精打采地这么说道：
「……小鼻子小眼睛地战斗太麻烦了。干脆毁了世界吧。」
紧接着。
真的不是在开玩笑，全世界都毁了。
