上条的下一个「使命」是潜入覆盖常盘台中学的大小姐区域的「学舍之园」进行调查？！
上条当麻从「黑暗的密室」醒来。将他送到那里的是土御门元春。潜入学园都市的敌对魔法师似乎正在利用灵装来毁灭学园。
身负了阻止大规模术式发动「使命」的上条，在剩下几小时内成功从「黑暗的密室」逃脱！！
——然而，眼前展开的是名门女校的更衣室……
被贴上变态标签，被女学生们追赶，他拼命进行着灵装探索。
连御坂美琴也发现了他，正当他以为终于走投无路之时……「幸运」地有人伸出了援助之手。
常盘台中学，第五名超能力者「心理掌握」的食蜂操祈。
这次相遇，是偶然产生，还是「某种」必然的产物呢——
当科学与魔法交汇之时，故事就从此开始——！