学园都市的大规模体育祭「大霸星祭」中，围绕着神秘的灵装「刺突杭剑」，有某种魔法入侵了——！当科学与魔法交汇之时，上条当麻的故事就从此开始——！
学园都市最盛大的活动「大霸星祭」。
这是由存在于超能力开发机构——学园都市中的所有学校联合举办的超大规模的体育节。
当然，上条当麻也参加了这个活动。然而，他的不幸依然如故，被饥饿的茵蒂克丝咬，被大霸星祭运营委员吹寄制理责难，还在比赛中被御坂美琴电击……？！
就在此时，一位魔法师为了争夺神秘灵装「刺突杭剑」潜入了学园都市。她是欧莉安娜·汤姆森，魔术界首屈一指的「送货人」，被称为「追踪封锁」，她的目的究竟是什么……？！
当科学与魔法交汇之时，上条当麻的故事就从此开始——！